Le Monastère de Santa Clara-a-Nova fut construit au XVIIe siècle sur une colline plus élevée pour remplacer l'ancien monastère inondé. L'église abrite le corps incorruptible de la Reine Sainte Isabelle, patronne de Coimbra, dans un magnifique reliquaire baroque en argent. Le design maniériste du monastère fut créé par le Père João Turriano et possède le plus grand cloître du Portugal. Le retable principal est un magnifique exemple de boiserie dorée de style national portugais. Le Miracle des Roses associé à Sainte Isabelle est raconté dans tout le monastère.