Magnífico museo instalado en el convento restaurado de Santo Domingo, que recorre la historia de Oaxaca desde la prehistoria hasta hoy. Entre los tesoros de la Tumba 7 de Monte Albán destacan impresionantes joyas de oro y turquesa. Cuenta con salas dedicadas a las culturas zapoteca y mixteca, y fue galardonado con el Premio Reina Sofía a la mejor restauración. Los jardines botánicos que hay detrás también merecen una visita.