دير سانتا كلارا الجديد بُني في القرن السابع عشر على تل أعلى ليحل محل الدير القديم الذي غمرته المياه. تضم الكنيسة الجسد غير الفاسد للملكة القديسة إيزابيل، شفيعة كويمبرا، في ضريح فضي باروكي مذهل. تصميم الدير على طراز المانييريزم من تخطيط الأب جواو تورياتو، ويضم أكبر دير في البرتغال. المذبح الرئيسي مثال رائع على الخشب المذهب بالأسلوب الوطني البرتغالي. قصة معجزة الورود المرتبطة بالقديسة إيزابيل تُروى في جميع أنحاء الدير.