科莫多海域是世界上最好的潜水地点之一，以强劲的水流和卓越的生物多样性著称。潜水员可以在马卡萨礁看到蝠鲼、鲨鱼、海龟以及数千种鱼类和珊瑚。潜点从适合初学者的平静海湾到Current City等高级漂流潜水不等。蝠鲼季节是12月至2月。