Les eaux de Komodo comptent parmi les meilleurs sites de plongée au monde, connues pour leurs forts courants et leur biodiversité exceptionnelle. Les plongeurs peuvent voir des raies manta au récif de Makassar, des requins, des tortues marines et des milliers d'espèces de poissons et coraux. Les sites vont des baies calmes pour débutants aux plongées dérivantes avancées comme Current City. La saison des mantas est de décembre a février.