Le Musée National d'Évora, officiellement Museu Nacional Frei Manuel do Cenáculo, occupe l'ancien Palais Épiscopal adjacent au Temple Romain. Fondé en 1915, il abrite une riche collection d'art religieux, de sculptures romaines, de magnifiques azulejos et d'artefacts préhistoriques de la région de l'Alentejo. Les points forts comprennent une statue romaine de Vénus, des peintures de maîtres portugais des XVe-XVIe siècles et une impressionnante collection de sculptures religieuses médiévales.