Das Stadtmuseum Faro ist das zweitälteste Museum der Algarve und wurde 1894 zum 500. Geburtstag von Heinrich dem Seefahrer eröffnet. Es befindet sich im wunderschönen Kloster Nossa Senhora da Assunção aus dem 16. Jahrhundert und beherbergt eine bemerkenswerte Sammlung römischer Artefakte, religiöser Kunst und Gemälde. Das Hauptjuwel ist das Oceanus-Mosaik aus dem 2.-3. Jahrhundert, das in der Nähe des heutigen Bahnhofs entdeckt wurde und außergewöhnlich gut erhalten ist. Der ruhige Klosterhof bietet eine schöne Pause von der Stadt.